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NatureBiotechnology [复制链接]

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全球范围内,新冠疫情仍然严峻,确诊病例数量持续攀升。快速切断病*的人际传播是控制疫情的关键,这依赖于精准快速的病*分析技术。但对于当前常用的qRT-PCR检测方法,由于需要将样本运送到实验室,因此筛查和诊断新冠疑似病例通常需要24小时以上。除此之外,尽管血清学检测方法颇为方便快捷,但在诊断急性SARS-CoV-2感染方面受到限制,灵敏度和特异性仍有待提高。因此,开发一种更为快速便捷、易于获取且有效的新冠病*检测方法,已成为迫在眉睫工作。

为了克服以上问题,来自加州大学旧金山分校及MammothBiosciences公司的研究人员日前成功开发了一种基于CRISPR-Cas12分析技术的新冠病*快速分子检测方法。据悉,该方法可以在30~45分钟内获得检测结果,阳性预测率达95%,阴性预测率达%,检测表现与基于RT-PCR的核酸检测不相上下。研究人员表示,该方法为美国CDC等机构开展的新冠病*qRT-PCR检测方法提供了直观、快速的替代方案,并有助于在临床诊断实验室之外(例如机场、急诊室等其他地点)进行即时的新冠病*检测。相关研究成果近日在线发表于NatureBiotechnology期刊,论文题为“CRISPR-Cas12-baseddetectionofSARS-CoV-2”。加州大学旧金山分校CharlesChiu教授及MammothBiosciences公司首席技术官JaniceChen为该论文共同通讯作者。

图:文章发表于NatureBiotechnology期刊

在文章中,研究人员详细介绍了他们的工作。具体而言,研究人员开发了一种快速、易于实施且准确的基于CRISPR-Cas12的检测方法,名为“DETECTR”。该方法使用环介导扩增(RT-LAMP)技术,能够对从鼻咽或口咽拭子中提取的RNA进行同时逆转录和等温扩增,然后对预定义的冠状病*序列进行Cas12检测,之后切割报告分子以确认检测到的病*。使用者可以像做家用验孕测试一样,在可视化读出条上读取结果。

图:SARS-CoV-2DETECTR检测流程示意图

研究人员首先设计了针对病*E和N基因的引物,并设计了Cas12指导RNA来检测E基因中的三种SARS样冠状病*,并仅检测N基因中的SARS-CoV-2。他们使用合成溶于无核酸酶水的体外转录SARS-CoV-2RNA基因靶标,证明基于CRISPR-Cas12的检测可以利用N基因gRNA对相关冠状病*株区分无交叉反应的SARS-CoV-2,以及使用E基因gRNA的预期交叉反应。然后,他们优化了以E基因、N基因和人源RNaseP基因为对照的分析条件。“如果在E和N基因都检测到,则认为SARS-CoV-2DETECTR检测结果为阳性;如果存在E或N基因,则检测结果为假定阳性。”作者在文中介绍,“这种结果解读与当前美国FDAEUA指南以及最近在EUA下批准的即时医疗诊断是一致的。”最后,研究人员使用参照样品和临床样品(包括36例COVID-19患者和42例其他病*性呼吸道感染患者)进行了验证,结果表明该方法检测SARS-CoV-2病*的阳性预测率达95%,阴性预测率达%。

图:运行检测所需设备

研究人员指出,与大多数基于PCR的检测方法(包括美国CDC的RT-PCR检测)相比,这种检测方法提供了一种更为快速的替代方案,并提供一个可视化的读取结果。值得
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