对于免疫功能正常的人群，感染了巨细胞病毒，若病情比较轻，病人可以通过自身免疫力清除病毒。也有些免疫功能正常人群，巨细胞病毒感染之后，病毒血症持续时间非常长，部分患者可以发烧2-3周，甚至更长时间。如果不应用抗病毒药物治疗，病程可能会明显延长，所以通常也需要应用抗病毒药物获得巨细胞病毒清除。如果是免疫功能下降的人群，比如艾滋病毒感染者、器官移植者、长期应用免疫抑制剂患者、有严重血液系统恶性肿瘤患者，感染了巨细胞病毒后，不应用抗病毒药物治疗，巨细胞病毒感染通常很难治愈。
巨细胞病毒感染人体以后，目前并没有有效的病原学治疗方法。治疗巨细胞病毒所使用的药物主要是抗病毒药物，如：阿昔洛韦，以及免疫调节剂，如：转移因子。但是，这些药物治疗并不能从根本上消灭巨细胞病毒。不过，巨细胞病毒感染过程一般具有自限性，当机体免疫功能良好的情况下可以自愈。巨细胞病毒感染以后容易引起巨细胞病毒性肝炎，传染性单核细胞增多症等疾病。
上述药物须在医生指导下服用。