这轮新疆疫情始于7月16日。疫情发展的很快，第一个潜伏期也就是14天，感染确诊人数就已经突破了人。这轮疫情表现出很强的聚集性感染特征，主要以乌鲁木齐为中心，全疆99.3％的病例都集中在那里，吉昌市和喀什的两例也均为乌鲁木齐输入。由于管控工作和大规模筛查检测持续进行，目前乌鲁木齐疫情已经趋于稳定。
（样本采集）
关于这轮疫情的起源有诸多说法，比如最初网传疫情之所以扩散，源于七月初的一起婚礼，不过这种说法只是一种猜测，未经证实。后来一名金姓女子在网上称疫情由一名由哈萨克斯坦归国的女性感染者带入，后来经警方查证此为谣言。因为自春节以来与临近俄罗斯和哈萨克斯坦的等国口岸均已严格管控，入境人员需要隔离观察并进行检测。
从确诊病例的情况来看，轻症者和无症状感染者居多，年轻人比重较大。目前关于本轮疫情仍然在流行病学调查中，尚没有最终结果。8月4日的通报显示，从目前的流行病学调查阶段性分析来看，新疆此次疫情表现为单一源头来源。这是通过所采集到的病毒样本经过基因测序后得到的结果。结果显示为多个检测样本序列相同，表明此次疫情来源于同一传染源暴露所致。
（崔燕主任通报）
病毒在扩散过程中会出现变异进化，形成不同的谱系，不过这些谱系之间均有有联系，有迹可循，通过测序对比找出病毒的大体来源于哪些区域，然后再根据具体病例情况，追踪溯源。新疆抗流行病小组的医学专家，新疆医院传染病科教授张跃新在接受《环球时报》采访时表示，新疆当地样本经过基因测序显示，其与北京疫情所采集的基因样本近似，应属于其亲属病毒。北京的病毒源头初步判定为新发地市场被病毒污染的三文鱼，其由欧洲进口，而且病毒基因序列也显示其属于欧洲流行的新冠病毒谱系。
（采集）
虽然测序的结果如此，这并不能说明这次新疆疫情的病毒就是由北京传入，也不能证明其也同样来源于由欧洲进口的冷冻海鲜，其也可能为其他渠道。不过进口的海产品和肉制品等通过冷链输入的商品，已经成为重点监测排查的对象。乌鲁木齐的食品市场加强了对食品安全的检查，包括进口牛肉，羊肉和海鲜，相关供应的进口食品必须经过核酸检测呈阴性的情况下才被允许出售。目前也只能这样，相关流行学调查还需要继续，以便追踪到具体的源头。这样才从根本上避免类似感染源的传入和再发生。