真蕨亚门
真蕨亚门（Filicophytina）
孢子体发达。茎除了树蕨外，均为根状茎，有各式中柱。木质部主要成分为管胞，少数具导管。叶为大型叶，幼叶拳卷状，长大后平展，分化为叶柄和叶片二部分。叶片为单叶或一至多回羽状分裂或复叶。孢子囊常聚集成孢子囊群生于叶边缘或背面，也有的生于特化了的孢子叶上，有或无囊群盖（indusium），孢子同型，一些水生真蕨的孢子囊则生于特化的孢子果内，孢子异型。 配子体为心脏形的叶状体，长宽一般不超过1cm，绿色，有假根。精子器和颈卵器均生于腹面。
真蕨是现今最繁茂的蕨类植物，约有1万种以上，广布全世界；我国近2，000种，广布全国。根据孢子囊的发育方式、结构及着生位置等，可分为厚囊蕨纲、原始薄囊蕨纲和薄囊蕨纲。
1．厚囊蕨纲（Eusporangiopsida）
孢子囊为厚囊型，由一群细胞发育而成。孢子囊壁为多层细胞，环带有或无，环带（girdle band）为孢子囊壁上一列内壁及侧壁加厚的细胞，有助于孢子囊的开裂和孢子的散布。孢子同型。本纲包括箭蕨目（瓶尔小草目Ophioglossales）和莲座蕨目（Marattiales）两个目。常见的有：瓶尔小草（Ophioglossum vulgatum L.），单叶幼时非拳卷；孢子囊穗自不育叶基部生出。全草可药用，具清热解*、消肿止痛之功效。福建莲座蕨（Angiopteris fokiensis Hieron），羽状复叶幼时拳卷，螺旋排列成莲座状。孢子囊群生于叶背。可盆栽观赏。
2．原始薄囊蕨纲（Protoleptosporangiopsida）
孢子囊由一个原始细胞发育而来，但囊柄可由多数细胞所发生。孢子囊壁由一层细胞组成，具盾形环带，孢子同形。系厚囊蕨纲和薄囊蕨纲之间的中间类型。仅有紫萁目（Osmundales），常见的有紫萁（Osmunda japonica Thunb.），叶异型，有营养叶和孢子叶之分，后者无叶绿体，孢子囊成熟后即枯死。为酸性土的指示植物。
3．薄囊蕨纲（Leptosporangiopsida）
孢子囊为薄囊型，包括囊柄均由一个细胞发育而来。孢子囊壁仅一层细胞，有各式环带。孢子同形或异型。本纲通常分水龙骨目（Polypodiales）、蘋目（Marsileales）、槐叶萍目（Salviniales）等三目。
水龙骨目（Polypodiales）
大多数为陆生植物，稀水生。孢子囊聚生成各式孢子囊群。孢子同形。约有47科近万种，占蕨类植物物种总数的90%以上。
（1）凤尾蕨科(Pteridaceae) 陆生大中型植物。根状茎多短而直立。叶丛生，一至二回羽状，孢子囊群及囊群盖线型，沿叶缘着生。约10属300种。常见的有蜈蚣草（Pteris vittata L.），多生于石灰岩山地。井栏边草（P. multifida Poir.）和凤尾蕨（P. cretica L. var. nervosa Ching et ，长江以南各省广布。
（2）鳞毛蕨科(Dryopteridaceae) 陆生中型植物。根状茎粗短，直立，偶横卧，密被鳞片。叶丛生，一至四回羽状复叶或分裂。孢子囊群圆形，孢群盖圆肾形。约14属，1700种，是蕨类植物的最大科。常见的有贯众（Cyrtomium fortunei J. Smith）、两色鳞毛鳞（Dryopteris setosa (Thunb.) Akasawa）、黑足鳞毛蕨（D. fuscipes r.）、阔鳞鳞毛蕨（D. championii (Benth.) r. ex Ching）、长尾复叶耳蕨（Arachniodes simplicior (Makino) Ohwi）等, 均为亚热带森林中草本层的常见种。
（3）水龙骨科(Polypodiaceae) 大多为中小型附生植物，少土生。根状茎多横走。叶疏生，单叶或一回羽状复叶。孢子囊群圆形、长圆形或线形，生叶背面，无囊群盖。约40属，500种。水龙骨（Polypodiodes niponica (Mett.) Ching），一回羽状复叶，附生于岩石上。根状茎药用。瓦韦（Lepisorus thunbergianus (Kaulf.) Ching）），单叶，孢子囊群着生于中脉两侧各成一行。石韦(Pyrrosia lingua (Thunb.) Farwell)，单叶，孢子囊群在中脉两侧排成多行，几布满叶背面。
本纲植物在亚热带地区习见的种类还有里白科的芒萁（Dicranopteris pedata (Houtt.) Nakaike），常为马尾松林下草本层的建群种；蕨科的蕨（Pteridium aquilinum (L.) Kuhn var. latiusculum (Desv.) Underw.），为山坡荒地的先锋植物，幼叶可食用，名蕨菜；乌毛蕨科的狗脊蕨（Woodwardia japoncia (L.f.) Smith），为山地阔叶林下的优势种，可作耐阴绿化植物；海金沙科的海金沙（Lygodium japonicum (Thunb.) Sw.），农地边常见，叶轴可伸长，似缠绕藤本。
槐叶萍目（Salviniales）
漂浮草本，茎纤细横走。孢子异型，大孢子囊数个生于形体较小的孢子果中，内仅有1个大孢子；小孢子囊则生于较大的孢子果中，内有64个小孢子。仅2科2属。常见的有槐叶萍（Salvinia natans (L.) All.），为水生杂草，全草也可供药用。满江红（Azolla imbricata (Roxb.) Nakai），又称绿萍或红萍，生水田或静水池塘中，与有固氮能力的鱼腥藻（Anabaena azollae）共生，常放养作绿肥或饲料。