尖锐湿疣复发的原因是多方面的，主要有以下几点：
一、上皮病变：
尖锐湿疣的病变过程主要发生在上皮组织内，人体皮肤粘膜的免疫系统存在于上皮下的真皮层内，由于上皮组织的基底层的阻隔，真皮内免疫系统不能与表皮内HPV病*颗粒接触而建立起有效的免疫应答反应，因而使不少尖锐湿疣久治不愈，这种情况同样见于青年人面部的扁平疣及手上的寻常疣。
二、亚临床感染：
男性亚临床感染多发生于阴茎，为体积较小的无蒂疣，直径大小1-3毫米。另一种常见于阴茎、肛周，肉眼不能见，只能在显微镜下才能见到病变。女性宫颈的人类乳头瘤病*亚临床感染要借助阴道镜检查才能发现。临床治疗时，医生只能清除肉眼能看见的那部分疣组织，对于肉眼看不见的病变是无法清除的。
三、再感染：
夫妻一方治愈了，而另一方是亚临床感染或病*携带者，通过性生活又被传染上，导致复发感染。
四、治疗不当：
某些患者没有正规治疗或治疗不彻底，表面症状消失了，就以为好了，实际上病*携带者，时间不久，又复发了。少数病人由于性关系长期混乱，导致反复感染。
五、生活习惯：
吸烟。因为吸烟能降低机体抵抗力，所以吸烟也是尖锐湿疣的独立危险因素。研究表明，吸烟者尖锐湿疣的发病率比不吸烟者高3倍多，且发病率随烟龄和日吸烟支数的增加而增加，同时吸烟能促进尖锐湿疣复发。饮酒。饮酒是包括尖锐湿疣在内的多种性病发病和复发的危险因素。因为饮酒影响了机体ｔ淋巴细胞的活性，抑制了机体的免疫力。同时酒精能抑制中枢神经系统，减轻焦虑，增强性欲，增加高危性行为，在一定程度上增加了尖锐湿疣的发生和复发。
尖锐湿疣本身就是一种易复发的疾病，HPV病*不易彻底的清除，再加上以上这些原因，就很容易让尖锐湿疣死灰复燃，所以作为男性，要洁身自好，杜绝不洁性生活，以自己的身体为重。
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