临床症状取决于病毒的致病力、感染力、机体防御力、幼犬的年龄和是否伴有其他病原（如寄生虫）。
犬细小病毒对肠隐窝的破坏可引起绒毛萎缩、腹泻、呕吐、肠出血和继发细菌感染，但是一些就诊患犬可能症状轻微或亚临床表现。多数犬最初因沉郁、厌食和/或呕吐（与摄入异物相似）、无腹泻就诊。
本病最初24-48小时内不出现腹泻，若腹泻也少见血便。炎症会继发肠道蛋白丢失，造成低蛋白血症。呕吐常是主要的症状，可严重到与异物造成的梗阻相似，可能会引起食道炎。
骨髓干细胞的破坏可引起暂时性或长期嗜中性粒细胞减少，在疾病发展过程中，常见白细胞急剧减少到极少或无法计数，同时发烧，患宠精神及体况会很差。白细胞持续低，往往是预后不良的指标。幼犬可经子宫感染本病，在8周前的幼犬可发展为心肌炎型，导致急性死亡